上海康昱盛自2009年成立以來，在多組學分析領域積累了豐富的經驗，長期致力于提供前沿的
基因組學，蛋白組學，代謝組學和脂質組學優質軟件解決方案。
在這個特殊時期，康昱盛希望能夠為國內新冠相關研究提供力所能及的幫助，作為凱杰生物信息產品線
國內唯一的一級代理商，將聯合凱杰公司為中國正在進行SARS-CoV-2病毒及COVID-19疾病研究的科
研工作者提供：
CLC Genomics Workbench & Ingenuity Pathway Analysis（IPA）限時免費！
CLC Genomics Workbench
國際主流的二代測序分析綜合分析平臺CLC Genomics Workbench提供
基因組，轉錄組，表觀基因組和宏基因組的綜合數據分析。
CLC可以提供快速準確地組裝新冠病毒全基因組、基因功能注釋及遺傳進化的一鍵式分析，為深入了解病毒的和零號病人發現的基因遺傳特性，得到病毒的進化根源以及和其它病毒的關系。特別是在SARS-CoV-2廣泛傳播過程中，發生突變位點的檢測，構建病毒的傳播和進化關系上顯得尤為重要。
Ingenuity Pathway Analysis（IPA）
著名的生物通路分析軟件方案Ingenuity Pathway Analysis（IPA）通過其自有的Ingenuity Knowledge Base（IKB）知識庫，為基因組、轉錄組、蛋白質組和代謝組提供更深刻的生物學洞見。
IPA可以在研究數據中通過建模，分析并理解復雜生物和化學系統。預測下游的效應，上游調控，發現分子間的因果關系。尋找新的潛在生物標志物，藥物靶點。探索COVID-19疾病的生物學機制和幫助新藥研發，藥物機理研究。通過IPA，對自己實驗獲得的數據洞察其中的生物學意義，也可將自己的數據和已經公開發表的數據集進行匹配，比較驗證。
背景介紹
CLC Genomics Workbench
CLC Genomics Workbench 是一款生物信息學綜合分析軟件，可用于基因組學，轉錄組學和表觀遺傳組學的數據分析。支持MAC OS X，Windows和Linux平臺。軟件通過ISO 9001:2015認證，可分析和顯示所有主流測序儀產生的測序數據。友好而直觀的操作界面，只需要鼠標點擊就可以完成二代測序的相關分析，方便科研工作者將更多的時間投入研究領域。目前許多研究人員已在多個頂級期刊應用CLC發表關于新冠研究的論文，比如NEJM
[1], The Lancet
[2]等。
應用1：重測序分析——可用于新冠病毒序列研究
CLC Genomics Workbench支持用于高精度檢測和比較遺傳變異的完整重測序流程。包括最開始的QC，Read mapping和最后的Local realignment用來顯著提高精度和降低假陽性。檢測的變異主要涉及SNV，MNV 和InDels，并進行相關注釋，過濾和功能分析。除此之外，軟件還支持Genome Browser，可以將各個分析步驟的結果在同一界面進行可視化操作。
圖1.使用Genome Browser 來查看感興趣的SNV在Reads和注釋中的詳細情況。
應用2：宏基因組——新冠病毒遺傳進化分析，功能注釋，組裝
CLC具有一套完整的微生物測序分析。以前收費的插件CLC Microbial Genomics Module和CLC Genome Finishing Module現在完全限時免費啦! 主要涉及微生物的種群鑒定MLST，抗生素耐藥性分析，宏基因組的拼接，注釋和比較分析，微生物種群分析（16S，18S和ITS擴增子分析，αβ多樣性分析等）。
圖2. 宏基因組相關分析，從左到右為富集分析，太陽圖，遺傳樹和α多樣性分析。
應用3:RNA-seq——新冠病人轉錄組數據分析
RNA-seq的分析常用來檢測差異基因，CLC在進行數據的質控后，可計算基因和轉錄本的表達值，比如Total Counts, Unique Counts, TPM和RPKM，然后將統計結果進行可視化選項進行可視化：火山圖，熱圖，PCA圖和維恩圖等。
圖3.從左到右依次為RNA-seq分析的火山圖，熱圖，PCA圖和維恩圖
Ingenuity Pathway Analysis（IPA）
IPA作為生物通路分析行業的領導者之一，搭建了Ingenuity Knowledge Base（IKB）知識庫。該數據庫自1998年起開始構建，著重收集生命科學、醫學各領域權威雜志全中文中的生物信息，目前含有近700萬條生物學知識，并與多個權威數據庫合作，綜合其他權威生物學知識，保證IPA軟件提供的每條信息都有高影響因子的文獻支持，從而提供最正確詳盡的生物學數據分析解決方案。
目前SARS-CoV-2的研究重點已經從病毒本身的檢測和臨床
治療手段開發，轉移到致病機制的揭示和潛在
治療靶點的尋找上，IPA兩個不同導向的解決方案助力SARS-CoV-2研究。
導向1：以問題為導向——My pathway構建
基于IPA的IKB知識庫，使用IPA查詢功能，避免耗時費力的人工文獻查閱篩選工作，加速新冠研究項目設計效率。研究人員可以快速找到SARS-CoV-2相關疾病的分子信息，并對其進行篩選；也可以尋找感興趣的分子之間的關系，構建互作網絡；還可以對網絡進行拓展，整合和美化。且無需我們提供任何實驗數據，可以為背景調研，項目開題提供強大的信息支持。
圖4.基于IPA構建的新冠相關蛋白互作網絡圖
導向2：數據為導向——疾病功能、經典信號通路，互作網絡，上游調控因果網絡等
IPA可以針對基因組學，蛋白組學或代謝組學實驗數據，進行一站式的數據分析和深度挖掘，其中包括疾病功能相關性分析，生物學下游效應分析，經典通路相關性分析，通路活性效應預測，轉錄調控分析，轉錄因子互作分析，非經典信號通路預測，互作網絡分析等等。所有分析結果均可提供原始文獻出處，所有結果均保證來源于高影響因子的文獻中的驗證實驗結果。幫助我們尋找可能的疾病標志物，藥物作用靶標，對于SARS-CoV-2的致病機理，和新藥研發提供強大助力！
IPA的一站式組學數據分析解讀方案，采用每周統一更新的背景知識庫。在大大提高分析效率的同時，也避免了傳統生物通路分析流程會出現的，在各個數據庫平臺間切換時，因軟件算法、背景數據庫質控標準或更新不一致引起的誤差。
圖5.基于組學數據的分析結果構建的生物調控網絡
活動須知
1、活動時間：即日起至6月15日
2、申請條件：
a) 科研院校PI發送關于軟件的試用申請（務必與新冠研究相關）
b) 關注康昱盛微信公眾號并轉發“史無前例！助力新冠， IPA & CLC軟件限時免費使用！！”本條微信至朋友圈，集齊11個贊，截圖。
將試用申請及朋友圈集贊截圖，發至marketing@cloudscientific.com。
收到您的申請后，我們將在一個工作日聯系您。
本活動最終解釋權歸于上海康昱盛信息科技有限公司和凱杰企業管理（上海）有限公司所有。
我們將在四月中旬舉辦“運用IPA軟件探究ACE2分子研究現狀、探尋相關基因表達和新冠相關疾病之間的網絡調控關系”的IPA免費在線講座，敬請關注！
參考文獻
[1] A Novel Coronavirus from Patients with Pneumonia in China, 2019. NEJM, DOI: 10.1056/NEJMoa2001017
[2] Genomic characterisation and epidemiology of 2019 novel coronavirus: implications for virus origins and receptor binding. The Lancet, DOI: https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)30251-8
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